Puis, Baggio rejoignit Brescia à la saison 2000-2001. Blessé en janvier à sa première année, il jouera 25 matchs pour 10 buts en championnat et 2 matchs de coupe d'Italie. Malheureusement, sa deuxième sera beaucoup plus hachée. Blessé seulement après 8 journées (avec 8 buts), il ne reviendra qu'à la vingt-deuxième (22ème) journée pour se "reblesser" encore une fois et subir une opération au genou. Les medecins prédisant un arrêt de 4 à 6 mois, il reviendra au bout de 77 jours seulement, soit 2 mois et demi, pour n'effectuer son retour qu'à trois journées de la fin du championnat. Et lors de ces 3 derniers matchs, il marquera encore 3 buts. Donc, à la fin de cette saison, il a marqué 11 buts en 12 matchs de championnat. Malheureusement, ça n'a pas été suffisant pour convaincre le Trap de le sélectionner pour le Mondial 2002: il n'est pas du voyage.
Sa saison 2002-2003 a été la plus calme depuis son arrivée à Brescia. En effet, il n'a eu aucune blessure "grave". Auteur d'un championnat moyen avec 12 buts en 32 matchs et aussi quelques coups de genies (comme par exemple ce lob à la 27ème journée contre l'Atalanta, ou encore cette reprise de volée sans controle contre Piacenza à la 19ème journée, peut-être même ce décalage pour Appiah à la 33ème journée contre la Lazio après avoir feinté Stam...), il a été classé 8ème attaquant d'Italie par Yahoo Sport et 10ème meilleur buteur.